長崎県高校野球の過去三年間の実績をもとにした番付表（ランキング）です。2024年度秋の新チーム（2025年度チーム）の番付情報が確認できます。上位校は進路情報へのリンクを追加。
番付表（2025年春季大会終了時点）
| 番付 | 大会 | 高校 | P |
| 横綱 4.00P~ | 優勝 準 – 八 | 海星 創成館 長崎日大 大崎 | 6.80 5.41 4.51 4.07 |
| 大関 2.44P~ | (21世紀) | 壱岐↑ | 2.56 |
| 関脇 1.55P~ | 三位 八 – – – | 長崎商業 清峰 波佐見 九州文化学園 長崎総科大 | 2.14 2.06 1.86 1.63 1.59 |
| 小結 1.22P~ | – – 四 | 瓊浦 鎮西学院 大村工業↑ | 1.44 1.38 1.30 |
| 前頭筆頭 | – 八 | 鹿町工業 長崎南山↑ | 0.82 0.81 |
| 前頭2 | – – | 島原中央↓ 長崎西↑ | 0.80 0.66 |
| 前頭3 | – – | 島原 小浜↑ | 0.62 0.59 |
| 前頭4 | 八 – – – | 長崎工業↑ 佐世保実業↑ 島原工業↑ 佐世保北↑ | 0.43 0.41 0.41 0.41 |
| 前頭5 | – | – | – |
| 前頭6 | – | 佐世保工業↓ | 0.38 |
| 前頭7 | – – – | 長崎北↓ 西陵 諫早農業↓ | 0.35 0.28 0.28 |
| 前頭8 | – | 西海学園↓ | 0.26 |
| 幕下 | – – – – – – | 長崎南↓ 長崎北陽台↓ 川棚 諫早 長崎明誠 五島 | 0.20 0.13 0.10 0.10 0.00 0.00 |
横綱の海星が優勝。同じく横綱の創生館が準優勝。四横綱の体制だが、海星独走の感じも。壱岐は選抜出場のポイントが大きく大関に昇格。
番付表（2024年秋季大会終了時点）
| 番付 | 大会 | 高校 | P |
| 横綱 4.00P~ | 優勝 八 – 四位 | 海星 創成館 長崎日大 大崎↑ | 5.61 4.60 4.55 4.14 |
| 大関 2.44P~ | – | – | – |
| 関脇 1.55P~ | 三位 – – 八 – | 波佐見 九州文化学園 清峰 長崎商業↑ 長崎総科大 | 2.36 2.10 1.82 1.65 1.65 |
| 小結 1.22P~ | 準 – – | 壱岐↑ 瓊浦 鎮西学院↓ | 1.38 1.29 1.28 |
| 前頭筆頭 | – – | 鹿町工業 島原中央↑ | 0.98 0.86 |
| 前頭2 | – – | 大村工業 長崎南山↑ | 0.74 0.73 |
| 前頭3 | – 八 | 島原 長崎西↑ | 0.68 0.60 |
| 前頭4 | 八 – | 小浜↑ 佐世保工業 | 0.53 0.53 |
| 前頭5 | – – | 諫早農業↓ 島原工業↑ | 0.51 0.51 |
| 前頭6 | – – | 長崎北↓ 佐世保北↓ | 0.37 0.35 |
| 前頭7 | – – – | 西陵↓ 西海学園↑ 佐世保実業↑ | 0.28 0.26 0.26 |
| 前頭8 | – | 長崎南 | 0.25 |
| 幕下 | – – – – – | 長崎北陽台↓ 川棚 諫早 長崎明誠 五島 | 0.16 0.10 0.10 0.00 0.00 |
横綱の海星が優勝。前頭4の壱岐が準優勝し小結に昇格。関脇の波佐見が三位に入り、大関の大崎が四位で横綱に返り咲いた。
ポイントの集計方法と番付の決定方法
ポイントの集計方法
過去三年の秋季、春季、夏季大会を集計の対象とする。
ポイントは各大会で優勝、準優勝、ベスト4、ベスト8、ベスト16となったチームにポイントを付与します。ポイントは順位とその大会の時期により独自の重みづけを行っています。
各大会で取得したポイントを合計し大会数で割ることにより、各チームのポイントを算出します。
番付の決定方法
横綱、大関、関脇、小結はポイントで番付が決まります。
前頭はポイント順に上から並びます。原則同じ番付には２チーム入ります。ただし同ポイントの高校が複数校ある場合などは、同じ番付に3校以上が記載されることがあります。また、前頭10には基準を満たす高校は校数関係なく記載されます。
東西の表記は見やすさを優先し、昨年途中から廃止しました。
ざっくりとしたイメージは、横綱：平均ベスト4、大関：ベスト4を2回で残りベスト8、関脇：ベスト8を5回で残りベスト16、小結：ベスト8を2回で残りベスト16という感じですが、直近1年で成績を上げるとポイント割り増しとなるため上位番付に行きやすい。
集計結果がポイント0.22ポイント未満（概ね9大会換算でベスト16に2回入れていないチーム）の場合は番付対象外としました。一度でも番付に入ればその後0.22ポイント未満となっても幕下に校名は残ります。
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